| 1 | Conventos dieguinos del siglo XVII, en la Ciudad de México y el aprovechamiento de sus espacios, por el ejército : caso de estudio : San Diego en Tacubaya | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Zamora Santos, Martín Daniel; | 2010 | Facultad de Arquitectura, |  |
| 2 | El ex-Hospital de San Pedro y la Archicofradía de la Santísima Trinidad, origen y transformación arquitectónica | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Hernández Zuñiga, Janet Elizabeth; | 2010 | Facultad de Arquitectura, | |
| 3 | Las acequias y la arquitectura habitacional del siglo XVIII en la Ciudad de México | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Jiménez Vaca, Alejandro; | 2010 | Facultad de Arquitectura, | |
| 4 | Las hospederías en los conventos dominicos de la mixteca alta | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Yáñez Guerra, David Ignacio; | 2010 | Facultad de Arquitectura, | |
| 5 | Arquitectura conventual dominica de la Provincia de Santa Catalina Mártir de Quito : el caso de Loja | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Monteros Cueva, Karina; | 2009 | Facultad de Arquitectura, | |
| 6 | El ex Convento de Nuestra Señora del Carmen en Querétaro | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Benítez Ortega, Oscar; | 2009 | Facultad de Arquitectura, | |
| 7 | La influencia de la minería en las doctrinas dominicas de los valles centrales de Oaxaca en la segunda mitad del siglo XVI | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Uribe Pérez, Claudia; | 2009 | Facultad de Arquitectura, | |
| 8 | Agua y arquitectura : ingeniería hidraúlica virreinal | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Pastrana Salcedo, Tarsicio; | 2008 | Facultad de Arquitectura, | |
| 9 | La arquitectura de haciendas mexicanas y el clima | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Kusuhara, Ikuo; | 2008 | Facultad de Arquitectura, | |
| 10 | Las casas de la buena muerte : centros sanitario asistenciales y formativos caso de estudio : la Casa de la Buena Muerte de la Ciudad de Mexico | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Bautista Sandoval, Jesus Eduardo; | 2007 | | |
| 11 | Los maestros mayores de arquitectura en la Ciudad de Mexico Siglo XVIII | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | López Quintero, José; | 2006 | | |
| 12 | Rescate y restauracion del patrimonio cultural en riesgo, en la Villa de Ixtlan de Juarez, Oaxaca, Mexico | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Sanchez Navarrete, Patricio Javier; | 2004 | | |
| 13 | Propuesta del uso del antiguo hospital de San Lazaro : un lugar de recorrido ocio en la Ciudad de Mexico restauracion en Mexico | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Gonzalez Milea, Alejandro; | 2001 | | |
| 14 | Hospital de Jesus : restauracion del monumento y su entorno urbano | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Meraz Ávila, Fidel Alejandro; | 2000 | | |
| 15 | Preservacion de poblados historicos en la zona minera de San Luis Potosi : una alternativa para su desarrollo sin destruccion | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Arista Castllo, Leticia; | 1999 | | |
| 16 | La arquitectura para la educacion y la enseñanza en el reino de Guatemala | Tesis de Doctorado | JESUS AGUIRRE CARDENAS; JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Avendaño Ávila, Joséfina Aracely; | 1998 | | |
| 17 | Arquitectura del clero regular Valladolid de Michoacan, siglo XVII | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Aguilera Garibay, Maria Lizbeth; | 1998 | | |
| 18 | El Hotel Moctezuma : el hospedaje en Cuernavaca a finales del S.XIX | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Ramiro Esteban, Diana; | 1998 | | |
| 19 | Parroquia de San Felipe de Jesus | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Ares Abed, José Evaristo; | 1997 | | |
| 20 | Regeneracion de Vizcainas | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Ysasi Martinez, Ana Marisa; | 1997 | | |
| 21 | Arquitectura para la educacion en la Ciudad de Mexico virreinal | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Merigo Basurto, Gabriel; | 1996 | | |
| 22 | Restauracion y adecuacion del ex-Hospital de San Hipolito | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Cejudo Collera, Mónica; | 1994 | | |
| 23 | Orfanatorio en Cuajimalpa de Morelos | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Uriega Alba, Juan José; | 1994 | | |
| 24 | Estancia psiquiatrica para personas con transtornos mentales agudo. Perote, Veracruz | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Angel Gordon, Lizbeth Maria del; | 1994 | | |
| 25 | Convento Huauchinango Puebla | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Marroquin Hernandez, Karla Fabiola; | 1994 | | |
| 26 | Desarrollo urbano en la region Puebla-Tlaxcala durante el Virreinato | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Yanes Díaz, Gonzalo; | 1993 | | |
| 27 | Arquitectura y sociedad en el siglo XVIII queretano | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Boils, Guillermo; | 1993 | | |
| 28 | Desarrollo en el Convento de la Concepcion | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Segura Werner, Libia Martha; | 1993 | | |
| 29 | Fabrica de ceramica | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Huerta Yañez, Carlos; | 1993 | | |
| 30 | Seminario Diocesano Mayor y Menor en Huejutla, Hidalgo | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Menchaca Ramirez, Alfredo; | 1992 | | |
| 31 | Centro de ejercicios espirituales en Atotonilco, Guanajuato | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Alvarado Díaz, Jorge Francisco; | 1992 | | |
| 32 | Centro de exhibicion comercial para la exportacion | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Ysita Escandon, Alvaro; | 1992 | | |
| 33 | Hacienda Molino de Flores : análisis y propuesta de restauracion | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Ostria Gonzalez, Claudio Bernardo; | 1991 | | |
| 34 | Estancion ferroviaria de pasajeros en Irapuato, Gto. | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Rubio Cedeno, Martin Francisco; | 1991 | | |
| 35 | Centro comunitario | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Ordóñez Medina, José Ramón Gabriel; | 1991 | | |
| 36 | Regeneracion de Chalma | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Vilchis Bellizzia, Fernando José; | 1990 | | |
| 37 | Rastro en Tlahuac | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Lezama López, Yanet; | 1990 | | |
| 38 | Unidad de posgrado para la Facultad de Quimica en la U.N.A.M. | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Adalid Teja, Enrique Manuel; | 1989 | | |
| 39 | Desarrollo urbano de la ciudad de Morelia-Mich. desde el siglo XVI al XIX | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Miranda Encina, María Teresa de Jesus; | 1989 | | |
| 40 | La Merced, restauracion del inmueble ubicado en Republica de Uruguay No. 171 Mexico, D.F. | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Salazar Muñoz, Victor Fernando; | 1989 | | |
| 41 | Restauracion del Convento de Santa Ines | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | García Alvarez, Sergio German; | 1988 | | |
| 42 | Centro Parroquial | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Martinez Lanz, Pablo José; | 1988 | | |
| 43 | Central Camionera de Autobuses Foraneos en Ixmiquilpan, Hgo. | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Ruvalcaba Paez, Enrique; | 1988 | | |
| 44 | Hospitales en la Ciudad de Mexico en la epoca del virreinato | Tesis de Doctorado | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Gonzalez Meza Martinez, Lourdes; | 1987 | | |
| 45 | Planta procesadora de maguey | Tesis de Licenciatura | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Marroquin Torres, Juan Pablo; | 1987 | | |
| 46 | Adaptacion de un edificio eclectico para consultorios medicos en la Colonia Roma | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Marun Hernandez, Raul Fernando; | 1986 | | |
| 47 | Adaptacion de un edificio ecletico para consultorios medicos en la Colonia Roma | Tesis de Maestría | JOSE MANUEL MIJARES Y MIJARES; | Marun Hernandez, Raul Fernando; | 1986 | | |