Autores UNAM:
JOSE UTRILLA CARRERI;

---

Número de solicitud:
MX/a/2018/003437

---

Fecha de presentacion:
21/03/2018

---

Numero de concesion:
410055

---

Fecha de concesión:
19/01/2024

---

Resumen:

La presente invención se refiere a un método para reducir el proteoma en E. coli, el cual comprende las etapas de: (a) definir la condición estándar, siendo ésta la condición para la cual se diseñó el método en un medio mínimo o medio mineral M9 con glucosa como única fuente de carbono, pH 7.0 y temperatura de 37°C; (b) determinar la lista de genes esenciales para medio M9-Glucosa, para lo cual se hace uso de la información de cinco distintos sets de datos derivados de experimentos de esencialidad de genes realizados en E. coli; (c) analizar la red transcripcional, en donde la información sobre las interacciones de los TF¿s es obtenida de la base de datos de RegulonDB; (d) integrar datos de expresión genética permitiendo el uso de datos experimentales derivados de perfiles de expresión para calcular la carga proteómica (PL) de cada gen, definida como el peso molecular de la proteína codificada por el gen, multiplicado por el número de copias a su vez dividido entre el número de Avogadro; además de calcular el balance proteómico (PB) de cada TF, definido como la sumatoría de la carga proteómica de los genes silenciados menos la sumatoria de la carga proteómica de los genes inducidos; (e) identificar los TF¿s a eliminar, para lo cual, la información generada durante el análisis (etapa c) se integra en forma de una herramienta computacional, la cual tiene la capacidad de encontrar la combinación de TF¿s que libera mayor carga proteómica en una condición en particular; (f) generar mutantes combinatorias, las cuales se generan por medio de transducción por fago P1, a partir de los knock-out individuales provenientes de la colección de KEIO; y, (g) evaluar las cepas generadas: las mutantes generadas se evalúan en distintas fuentes de carbono.

---

Entidades por adscripción en la UNAM:
Centro de Ciencias Genómicas;