SIIA Público

DATOS GENERALES

Nombre completo	JOSE UTRILLA CARRERI
Máximo nivel de estudios	DOCTORADO
Antigüedad académica en la UNAM	10 años

NOMBRAMIENTOS

Vigente

INVESTIGADOR TITULAR B TC Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 16-11-2024

INVESTIGADOR TITULAR A TC Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 01-02-2022 hasta 15-11-2024
INVESTIGADOR TITULAR A TC No Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 01-02-2019 hasta 31-01-2022
INVESTIGADOR ASOCIADO C TC No Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 16-12-2015 hasta 31-01-2019
INVESTIGADOR ASOCIADO C TC No Definitivo
Dirección General de Asuntos del Personal Académico
Desde 16-01-2015 hasta 15-12-2015

ESTIMULOS, PROGRAMAS, PREMIOS Y RECONOCIMIENTOS

* SNI II	2022 - VIGENTE
* SNI I	2015 - 2021
* PRIDE C	2023 - 2024
* EQUIVALENCIA PRIDE B	2015 - 2019

INFORMACIÓN DE PUBLICACIONES

Firmas
Utrilla J. Utrilla, J Utrilla, Jose
ID's SCOPUS
36913753600
ORCID's
0000-0003-3048-9241

Áreas de conocimiento

Biochemical research methods Biochemistry and molecular biology Biotechnology & applied microbiology Biotechnology and applied microbiology Endocrinology and metabolism
Food science and technology Jcs 2008 Mathematical and computational biology Microbiology Multidisciplinary sciences
Agricultural and biological sciences (miscellaneous) Applied microbiology and biotechnology Biochemistry Biomedical engineering Clinical Biochemistry
Environmental Engineering Food Science Health professions (miscellaneous) Microbiology Microbiology (medical)
Modeling and Simulation Molecular biology Multidisciplinary Pathology and Forensic Medicine

Coautorías con entidades de la UNAM

Centro de Ciencias Genómicas
Instituto de Biotecnología

Revistas en las que ha publicado (22):

ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY, Países Bajos (2013)
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Estados Unidos America (2015)
APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, Estados Unidos America (2020, 2024)
BIORESOURCE TECHNOLOGY, Países Bajos (2016)
BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING, Estados Unidos America (2024)
Cell Systems, Estados Unidos America (2016)
CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY, Reino Unido (2020)
Foods, Suiza (2024)
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, Suiza (2019)
Iscience, Estados Unidos America (2022)
JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, Alemania (2009)
JOURNAL OF MOLECULAR MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, Suiza (2008)
Metabolomics, Estados Unidos America (2015)
MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, Estados Unidos America (2023)
Microbiology Resource Announcements, Estados Unidos America (2017)
Microorganisms, Suiza (2020)
Molecular Omics, Reino Unido (2024)
NATURE CHEMICAL BIOLOGY, Estados Unidos America (2020)
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, Estados Unidos America (2016, 2019)
PLOS ONE, Estados Unidos America (2018)
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Estados Unidos America (2015)
Royal Society Open Science, Reino Unido (2022)

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Documentos indexados (WoS y Scopus)

#	Título del documento	Autores	Año	Revista	Fuente	Citas WoS	Citas Scopus
1	Recombinant protein expression in proteome-reduced cells under aerobic and oxygen-limited regimes	2ᵒ autor: Utrilla J., Lara A.R., Martínez L.M., Krausch N., et al.	2024	BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING	WoS-id: 001136713200001 Scopus-id: 2-s2.0-85181456099	3	3
2	Electrostatic Fermentation: Molecular Response Insights for Tailored Beer Production	Coautor: Utrilla J., Amaro-Reyes A., Marcial-Ramírez D., Vázquez-Landaverde P.A., et al.	2024	Foods	WoS-id: 001168269600001 Scopus-id: 2-s2.0-85185916943	1	1
3	Enhancing Escherichia coli abiotic stress resistance through ornithine lipid formation	Coautor: Utrilla J., Bedoya-Pérez L.P., Aguilar-Vera A., Sánchez-Pérez M., et al.	2024	APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY	WoS-id: 001198657100003 Scopus-id: 2-s2.0-85189936104	0	0
4	Sequencing, assembly, and genomic annotation of Leucoagaricus gongylophorus LEU18496, a dikarya mutualistic species	Coautor: Utrilla, J, Castillo-Alfonso, F, Valadez-Cano, C, Cejas-Añón, G, et al.	2024	Molecular Omics	WoS-id: 001294232800001 Scopus-id: 2-s2.0-85201749881	1	1
5	Engineering resource allocation in artificially minimized cells: Is genome reduction the best strategy?	2ᵒ autor y autor de correspondencia: Utrilla, Jose, Marquez-Zavala, Elisa	2023	MICROBIAL BIOTECHNOLOGY	WoS-id: 000936134400001 Scopus-id: 2-s2.0-85148445652	5	5
6	Regulatory perturbations of ribosome allocation in bacteria reshape the growth proteome with a trade-off in adaptation capacity	Coautor: Utrilla, Jose, Hidalgo, David, Martinez-Ortiz, Cesar A., Palsson, Bernhard O., et al.	2022	Iscience	WoS-id: 000773615400010 Scopus-id: 2-s2.0-85124869416	11	10
7	Dynamic proteome allocation regulates the profile of interaction of auxotrophic bacterial consortia	Coautor: Utrilla J., Reyes-González D., De Luna-Valenciano H., Sieber M., et al.	2022	Royal Society Open Science	WoS-id: 001133682200006 Scopus-id: 2-s2.0-85130284976	2	2
8	Trade-offs between gene expression, growth and phenotypic diversity in microbial populations	Coautor: Utrilla J., Kim J., Darlington A., Salvador M., et al.	2020	CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY	WoS-id: 000530659900007 Scopus-id: 2-s2.0-85072704784	51	53
9	A quantitative method for proteome reallocation using minimal regulatory interventions	Coautor: Utrilla, Jose, Lastiri-Pancardo, Gustavo, Mercado-Hernandez, Jonathan S., Kim, Juhyun, et al.	2020	NATURE CHEMICAL BIOLOGY	WoS-id: 000548105600001 Scopus-id: 2-s2.0-85087842798	26	25
10	Author Correction: A quantitative method for proteome reallocation using minimal regulatory interventions (Nature Chemical Biology, (2020), 16, 9, (1026-1033), 10.1038/s41589-020-0593-y)	Coautor: Utrilla J., Lastiri-Pancardo G., Mercado-Hernández J.S., Kim J., et al.	2020	NATURE CHEMICAL BIOLOGY	WoS-id: 000567734500001 Scopus-id: 2-s2.0-85090477915	0	0
11	Metabolic reconstruction of Pseudomonas chlororaphis ATCC 9446 to understand its metabolic potential as a phenazine-1-carboxamide-producing strain	2ᵒ autor: Utrilla J., Moreno-Avitia F., Bolívar F., Nogales J., et al.	2020	APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY	WoS-id: 000573192900002 Scopus-id: 2-s2.0-85091615457	4	5
12	Plasmid DNA Production in Proteome-Reduced Escherichia coli	Coautor: Utrilla, Jose, de la Cruz, Mitzi, Ramirez, Elisa A., Sigala, Juan-Carlos, et al.	2020	Microorganisms	WoS-id: 000582001800001 Scopus-id: 2-s2.0-85091534353	8	9
13	Bacterial Diversity and Population Dynamics During the Fermentation of Palm Wine From Guerrero Mexico	Coautor: Utrilla, Jose, Astudillo-Melgar, Fernando, Ochoa-Leyva, Adrian, Huerta-Beristain, Gerardo	2019	FRONTIERS IN MICROBIOLOGY	WoS-id: 000461982300001 Scopus-id: 2-s2.0-85066758473	26	33
14	Laboratory evolution reveals a two-dimensional rate-yield tradeoff in microbial metabolism	Coautor: Utrilla J., Cheng C., O?brien E.J., McCloskey D., et al.	2019	PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY	WoS-id: 000474703000030 Scopus-id: 2-s2.0-85068198905	28	28
15	ChIP-exo interrogation of Crp, DNA, and RNAP holoenzyme interactions	Coautor: Utrilla J., Latif H., Federowicz S., Ebrahim A., et al.	2018	PLOS ONE	WoS-id: 000432348900042 Scopus-id: 2-s2.0-85047372499	15	14
16	Draft genome sequence of sphingobacterium sp. CZ-UAM, isolated from a methanotrophic consortium	Coautor: Utrilla, Jose, Steffani-Vallejo J.L., ZuÃ±iga C., Cruz-Morales, Pablo, et al.	2017	Microbiology Resource Announcements	WoS-id: 000460708600015 Scopus-id: 2-s2.0-85027676234	1	6
17	Quantification and Classification of E. coli Proteome Utilization and Unused Protein Costs across Environments	2ᵒ autor: Utrilla, Jose, O'Brien, Edward J., Palsson, Bernhard O.	2016	PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY	WoS-id: 000379349700060 Scopus-id: 2-s2.0-84978861815	90	91
18	Production of D-lactate from sugarcane bagasse and corn stover hydrolysates using metabolic engineered Escherichia coli strains	1ᵉʳ autor: Utrilla, Jose, Vargas-Tah, Alejandra, Trujillo-Martinez, Berenice, Gosset, Guillermo, et al.	2016	BIORESOURCE TECHNOLOGY	WoS-id: 000384712900027 Scopus-id: 2-s2.0-84983535067	21	26
19	Global Rebalancing of Cellular Resources by Pleiotropic Point Mutations Illustrates a Multi-scale Mechanism of Adaptive Evolution	1ᵉʳ autor: Utrilla, Jose, O'Brien, Edward J., Chen, Ke, McCloskey, Douglas, et al.	2016	Cell Systems	WoS-id: 000394359300009 Scopus-id: 2-s2.0-84967180536	84	85
20	Use of adaptive laboratory evolution to discover key mutations enabling rapid growth of Escherichia coli K-12 MG1655 on glucose minimal medium	Coautor: Utrilla J., LaCroix R.A., Sandberg T.E., O'Brien E.J., et al.	2015	APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY	WoS-id: 000347376200003 Scopus-id: 2-s2.0-84917705874	184	200
21	Model-driven discovery of underground metabolic functions in Escherichia coli	2ᵒ autor: Utrilla J., Guzmán G.I., Nurk S., Brunk E., et al.	2015	PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA	WoS-id: 000348040700071 Scopus-id: 2-s2.0-84921340441	73	73
22	Fast Swinnex filtration (FSF): a fast and robust sampling and extraction method suitable for metabolomics analysis of cultures grown in complex media	2ᵒ autor: Utrilla J., McCloskey D., Naviaux R.K., Palsson B.O., et al.	2015	Metabolomics	WoS-id: 000348343300019 Scopus-id: 2-s2.0-84939880056	23	24
23	Metabolic and transcriptional response of Escherichia coli with a NADP +-dependent glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Streptococcus mutans	2ᵒ autor: Utrilla, J, Centeno-Leija, S, Flores, N, Rodriguez, A, et al.	2013	ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY	WoS-id: 000326804000002 Scopus-id: 2-s2.0-84889609028	16	16
24	ATP limitation in a pyruvate formate lyase mutant of Escherichia coli MG1655 increases glycolytic flux to d-lactate	1ᵉʳ autor: Utrilla, J, Gosset, G, Martinez, A	2009	JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY	WoS-id: 000268301200007 Scopus-id: 2-s2.0-68349148366	36	38
25	Specific ethanol production rate in ethanologenic Escherichia coli strain KO11 is limited by pyruvate decarboxylase	2ᵒ autor: Utrilla, J, Huerta-Beristain, G, Hernandez-Chavez, G, Bolivar, F, et al.	2008	JOURNAL OF MOLECULAR MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY	WoS-id: 000254301500007 Scopus-id: 2-s2.0-40949137363	23	23

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Documentos no indexados (Humanindex)

#	Título del documento	ISSN	Revista	Año	Fuente

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Capítulos de libros (WoS y Scopus)

#	Título del capítulo	Título del libro	Autores	Alcance	Año	ISBN	Fuente
1	Resource Allocation Principles and Minimal Cell Design	Minimal Cells: Design, Construction, Biotechnological Applications	Utrilla J., Hidalgo D.,	Article	2020	9783030318970	WoS-id: 000656493100009 Scopus-id: 2-s2.0-85088450335
2	Evolutionary engineering of microorganisms to overcome toxicity during lignocellulose hydrolysates utilization	Engineering Of Microorganisms For The Production Of Chemicals And Biofuels From Renewable Resources	Utrilla J., Lastiri-Pancardo G.M.,	Capítulo de un Libro	2017	9783319517292	Scopus-id: 2-s2.0-85042843247

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Proyectos

#	Nombre	Participantes	Convocatoria	Fecha Inicio	Fecha Fin
1	Ingeniería de fenotipos sintéticos.	JOSE UTRILLA CARRERI,	Presupuesto de la UNAM asignado a la Dependencia	01-12-2014	30-11-2020
2	Generación guiada por modelos de cepas productoras através de acoplamiento al crecimiento y evolución en el laboratorio	JOSE UTRILLA CARRERI,	Universidades, Centros, Institutos u Organismos Internacionales	01-07-2015	30-06-2018
3	Engineering the circuit-host interplay for the integration of standardized synthetic functions.	JOSE UTRILLA CARRERI,	Universidades, Centros, Institutos u Organismos Internacionales	27-03-2017	26-03-2020
4	Engineering the circuit-Host interplay for the integration of standardized synthetic functions.	JOSE UTRILLA CARRERI,	Universidades, Centros, Institutos u Organismos Internacionales	27-03-2017	24-09-2022
5	Evaluación de cepas con proteoma reducido como chasis para expresión de funciones sintéticas	JOSE UTRILLA CARRERI,	Recursos PAPIIT	01-01-2018	31-12-2019
6	Evaluación de la reducción de la expresión de ribosomas de reserva como estrategia de optimización de cepas bacterianas.	JOSE UTRILLA CARRERI,	Recursos PAPIIT	01-01-2020	31-12-2022
7	Epistasis, robustez, mecanismos compensatorios y redundancia: Considerando costos de expresión genética en E. COLI.	JOSE UTRILLA CARRERI,	Recursos CONAHCyT	02-05-2022	30-11-2024
8	Genómica funcional de Pseudomonas chlororaphis para su mejoramiento como microorganismo de producción en biología sintética	JOSE UTRILLA CARRERI,	Recursos PAPIIT	01-01-2023	31-12-2025

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Docencia Impartida

#	Entidad	Nivel	Asignatura	Año	Semestre	Alumnos
1	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2024	2024-2	1
2	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2023	2024-1	1
3	Facultad de Química	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2021	2022-1	1
4	Facultad de Química	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2021	2021-2	1
5	Instituto de Biotecnología	Licenciatura	GENOMICA INTEGRATIVA 2	2020	2021-1	1
6	Instituto de Biotecnología	Maestría	SEMINARIO DE INVESTIGACIÓN III	2020	2021-1	1
7	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2020	2021-1	1
8	Instituto de Biotecnología	Maestría	CURSO III	2020	2020-2	1
9	Instituto de Biotecnología	Maestría	SEMINARIO DE INVESTIGACIÓN II	2020	2020-2	1
10	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2020	2020-2	1
11	Instituto de Biotecnología	Maestría	CURSO IV	2019	2020-1	1
12	Instituto de Biotecnología	Maestría	SEMINARIO DE INVESTIGACIÓN III	2019	2020-1	1
13	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2019	2020-1	1
14	Instituto de Biotecnología	Maestría	CURSO III	2019	2020-1	1
15	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN I	2019	2020-1	1
16	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2019	2019-2	1
17	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2019	2019-2	1
18	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2019	2019-2	1
19	Instituto de Biotecnología	Maestría	SEMINARIO DE INVESTIGACIÓN II	2019	2019-2	1
20	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2019	2019-2	1
21	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2018	2019-1	1
22	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2018	2019-1	1
23	Instituto de Biotecnología	Maestría	SEMINARIO DE INVESTIGACIÓN III	2018	2019-1	1
24	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2018	2019-1	1
25	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN I	2018	2019-1	1
26	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION III	2018	2018-2	1
27	Instituto de Biotecnología	Maestría	SEMINARIO DE INVESTIGACION II	2018	2018-2	1
28	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2018	2018-2	1
29	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2017	2018-1	1
30	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION III	2017	2018-1	1
31	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION III	2017	2018-1	1
32	Instituto de Biotecnología	Licenciatura	TRABAJO DE INVESTIGACION 1	2017	2018-1	1
33	Instituto de Biotecnología	Licenciatura	TRABAJO DE INVESTIGACION 2	2017	2018-1	1
34	Instituto de Biotecnología	Licenciatura	TRABAJO DE INVESTIGACION 3	2017	2018-1	1
35	Instituto de Biotecnología	Licenciatura	TOPICO SELECTO 1	2017	2018-1	1
36	Instituto de Biotecnología	Licenciatura	TOPICO SELECTO 2	2017	2018-1	1
37	Instituto de Biotecnología	Licenciatura	SEMINARIO DE INVESTIGACION 1	2017	2018-1	1
38	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION I	2017	2018-1	1
39	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2017	2017-2	1
40	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2017	2017-2	1
41	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN III	2017	2017-2	1
42	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACIÓN II	2017	2017-2	1
43	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2016	2017-1	1
44	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2016	2017-1	1
45	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2016	2017-1	1
46	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION III	2016	2017-1	1
47	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2016	2016-2	1
48	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION III	2016	2016-2	1
49	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION III	2016	2016-2	1
50	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2015	2016-1	1
51	Instituto de Biotecnología	Maestría	TRABAJO DE INVESTIGACION II	2015	2016-1	1

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Patentes Otorgadas

#	Título	Inventores	Año	Sección
1	NUEVOS TRANSPORTADORES DE XILOSA Y SUS APLICACIONES.	GUILLERMO GOSSET LAGARDA, LUZ MARIA MARTINEZ MEJIA, ALFREDO MARTINEZ JIMENEZ, et al.	2016	CHEMISTRY; METALLURGY
2	MÉTODO PARA REDUCIR EL PROTEOMA EN ESCHERICHIA COLI PARA AUMENTAR LA PRODUCCIÓN DE PROTEÍNAS SINTÉTICAS.	JOSE UTRILLA CARRERI,	2024	CHEMISTRY; METALLURGYPHYSICS

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Capítulos de libros (Humanindex)

#	Título del libro	Título del capítulo	ISBN	Editorial	Año	Fuente

SISTEMA INTEGRAL DE INFORMACIÓN ACADÉMICA - PÚBLICO

JOSE UTRILLA CARRERI

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