JOSE UTRILLA CARRERI



DATOS GENERALES NOMBRAMIENTOS
Nombre completo   JOSE UTRILLA CARRERI
Máximo nivel de estudios   DOCTORADO
Antigüedad académica en la UNAM   8 años

Vigente   INVESTIGADOR TITULAR A TC Definitivo
Centro de Ciencias Genómicas
Desde 01-02-2022
ESTIMULOS, PROGRAMAS, PREMIOS Y RECONOCIMIENTOS
* SNI II2022 - 2023
* SNI I2015 - 2021
* PRIDE B2020 - 2022
* EQUIVALENCIA PRIDE B2015 - 2019
INFORMACIÓN DE PUBLICACIONES
Firmas  
Utrilla J. Utrilla, J Utrilla, Jose
ID's SCOPUS  
36913753600
ORCID's  
0000-0003-3048-9241
Áreas de conocimiento  
Biochemical research methods Biochemistry and molecular biology Biotechnology & applied microbiology Biotechnology and applied microbiology Endocrinology and metabolism
Food science and technology Jcs 2008 Mathematical and computational biology Microbiology Multidisciplinary sciences
Agricultural and biological sciences (miscellaneous) Applied microbiology and biotechnology Biomedical engineering Clinical Biochemistry Environmental Engineering
Food Science Microbiology Microbiology (medical) Modeling and Simulation Molecular biology
Multidisciplinary Pathology and Forensic Medicine
Coautorías con entidades de la UNAM  
  • Centro de Ciencias Genómicas
  • Instituto de Biotecnología
 Revistas en las que ha publicado  (21):
  1. ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY, Países Bajos (2013)
  2. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Estados Unidos America (2015)
  3. APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, Estados Unidos America (2020, 2024)
  4. BIORESOURCE TECHNOLOGY, Países Bajos (2016)
  5. BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING, Estados Unidos America (2024)
  6. Cell Systems, Estados Unidos America (2016)
  7. CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY, Reino Unido (2020)
  8. Foods, Suiza (2024)
  9. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, Suiza (2019)
  10. Iscience, Estados Unidos America (2022)
  11. JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, Alemania (2009)
  12. JOURNAL OF MOLECULAR MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, Suiza (2008)
  13. Metabolomics, Estados Unidos America (2015)
  14. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, Estados Unidos America (2023)
  15. Microbiology Resource Announcements, Estados Unidos America (2017)
  16. Microorganisms, Suiza (2020)
  17. NATURE CHEMICAL BIOLOGY, Estados Unidos America (2020)
  18. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, Estados Unidos America (2016, 2019)
  19. PLOS ONE, Estados Unidos America (2018)
  20. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Estados Unidos America (2015)
  21. Royal Society Open Science, Reino Unido (2022)


Documentos indexados (WoS y Scopus)

# Título del documento Autores Año Rista Fuente Citas WoS Citas Scopus
1Recombinant protein expression in proteome-reduced cells under aerobic and oxygen-limited regimes2ᵒ autor: Utrilla J., Lara A.R., Martínez L.M., Krausch N., et al.2024BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERINGWoS-id: 001136713200001
Scopus-id: 2-s2.0-85181456099
11
2Electrostatic Fermentation: Molecular Response Insights for Tailored Beer ProductionCoautor: Utrilla J., Amaro-Reyes A., Marcial-Ramírez D., Vázquez-Landaverde P.A., et al.2024FoodsWoS-id: 001168269600001
Scopus-id: 2-s2.0-85185916943
00
3Enhancing Escherichia coli abiotic stress resistance through ornithine lipid formationCoautor: Utrilla J., Bedoya-Pérez L.P., Aguilar-Vera A., Sánchez-Pérez M., et al.2024APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGYWoS-id: 001198657100003
Scopus-id: 2-s2.0-85189936104
00
4Engineering resource allocation in artificially minimized cells: Is genome reduction the best strategy?2ᵒ autor y autor de correspondencia: Utrilla, Jose, Marquez-Zavala, Elisa2023MICROBIAL BIOTECHNOLOGYWoS-id: 000936134400001
Scopus-id: 2-s2.0-85148445652
55
5Regulatory perturbations of ribosome allocation in bacteria reshape the growth proteome with a trade-off in adaptation capacityCoautor: Utrilla, Jose, Hidalgo, David, Martinez-Ortiz, Cesar A., Palsson, Bernhard O., et al.2022IscienceWoS-id: 000773615400010
Scopus-id: 2-s2.0-85124869416
46
6Dynamic proteome allocation regulates the profile of interaction of auxotrophic bacterial consortiaCoautor: Utrilla J., Reyes-González D., De Luna-Valenciano H., Sieber M., et al.2022Royal Society Open ScienceWoS-id: 001133682200006
Scopus-id: 2-s2.0-85130284976
22
7Trade-offs between gene expression, growth and phenotypic diversity in microbial populationsCoautor: Utrilla J., Kim J., Darlington A., Salvador M., et al.2020CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGYWoS-id: 000530659900007
Scopus-id: 2-s2.0-85072704784
3847
8A quantitative method for proteome reallocation using minimal regulatory interventionsCoautor: Utrilla, Jose, Lastiri-Pancardo, Gustavo, Mercado-Hernandez, Jonathan S., Kim, Juhyun, et al.2020NATURE CHEMICAL BIOLOGYWoS-id: 000548105600001
Scopus-id: 2-s2.0-85087842798
2222
9Author Correction: A quantitative method for proteome reallocation using minimal regulatory interventions (Nature Chemical Biology, (2020), 16, 9, (1026-1033), 10.1038/s41589-020-0593-y)Coautor: Utrilla J., Lastiri-Pancardo G., Mercado-Hernández J.S., Kim J., et al.2020NATURE CHEMICAL BIOLOGYWoS-id: 000567734500001
Scopus-id: 2-s2.0-85090477915
00
10Metabolic reconstruction of Pseudomonas chlororaphis ATCC 9446 to understand its metabolic potential as a phenazine-1-carboxamide-producing strain2ᵒ autor: Utrilla J., Moreno-Avitia F., Bolívar F., Nogales J., et al.2020APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGYWoS-id: 000573192900002
Scopus-id: 2-s2.0-85091615457
45
11Plasmid DNA Production in Proteome-Reduced Escherichia coliCoautor: Utrilla, Jose, de la Cruz, Mitzi, Ramirez, Elisa A., Sigala, Juan-Carlos, et al.2020MicroorganismsWoS-id: 000582001800001
Scopus-id: 2-s2.0-85091534353
38
12Bacterial Diversity and Population Dynamics During the Fermentation of Palm Wine From Guerrero MexicoCoautor: Utrilla, Jose, Astudillo-Melgar, Fernando, Ochoa-Leyva, Adrian, Huerta-Beristain, Gerardo2019FRONTIERS IN MICROBIOLOGYWoS-id: 000461982300001
Scopus-id: 2-s2.0-85066758473
2426
13Laboratory evolution reveals a two-dimensional rate-yield tradeoff in microbial metabolismCoautor: Utrilla J., Cheng C., O?brien E.J., McCloskey D., et al.2019PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGYWoS-id: 000474703000030
Scopus-id: 2-s2.0-85068198905
2326
14ChIP-exo interrogation of Crp, DNA, and RNAP holoenzyme interactionsCoautor: Utrilla J., Latif H., Federowicz S., Ebrahim A., et al.2018PLOS ONEWoS-id: 000432348900042
Scopus-id: 2-s2.0-85047372499
1413
15Draft genome sequence of sphingobacterium sp. CZ-UAM, isolated from a methanotrophic consortiumCoautor: Utrilla, Jose, Steffani-Vallejo J.L., Zuñiga C., Cruz-Morales, Pablo, et al.2017Microbiology Resource AnnouncementsWoS-id: 000460708600015
Scopus-id: 2-s2.0-85027676234
15
16Quantification and Classification of E. coli Proteome Utilization and Unused Protein Costs across Environments2ᵒ autor: Utrilla, Jose, O'Brien, Edward J., Palsson, Bernhard O.2016PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGYWoS-id: 000379349700060
Scopus-id: 2-s2.0-84978861815
7983
17Production of D-lactate from sugarcane bagasse and corn stover hydrolysates using metabolic engineered Escherichia coli strains1ᵉʳ autor: Utrilla, Jose, Vargas-Tah, Alejandra, Trujillo-Martinez, Berenice, Gosset, Guillermo, et al.2016BIORESOURCE TECHNOLOGYWoS-id: 000384712900027
Scopus-id: 2-s2.0-84983535067
1622
18Global Rebalancing of Cellular Resources by Pleiotropic Point Mutations Illustrates a Multi-scale Mechanism of Adaptive Evolution1ᵉʳ autor: Utrilla, Jose, O'Brien, Edward J., Chen, Ke, McCloskey, Douglas, et al.2016Cell SystemsWoS-id: 000394359300009
Scopus-id: 2-s2.0-84967180536
8082
19Use of adaptive laboratory evolution to discover key mutations enabling rapid growth of Escherichia coli K-12 MG1655 on glucose minimal mediumCoautor: Utrilla J., LaCroix R.A., Sandberg T.E., O'Brien E.J., et al.2015APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGYWoS-id: 000347376200003
Scopus-id: 2-s2.0-84917705874
168183
20Model-driven discovery of underground metabolic functions in Escherichia coli2ᵒ autor: Utrilla J., Guzmán G.I., Nurk S., Brunk E., et al.2015PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICAWoS-id: 000348040700071
Scopus-id: 2-s2.0-84921340441
6669
21Fast Swinnex filtration (FSF): a fast and robust sampling and extraction method suitable for metabolomics analysis of cultures grown in complex media2ᵒ autor: Utrilla J., McCloskey D., Naviaux R.K., Palsson B.O., et al.2015MetabolomicsWoS-id: 000348343300019
Scopus-id: 2-s2.0-84939880056
2222
22Metabolic and transcriptional response of Escherichia coli with a NADP +-dependent glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Streptococcus mutans2ᵒ autor: Utrilla, J, Centeno-Leija, S, Flores, N, Rodriguez, A, et al.2013ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGYWoS-id: 000326804000002
Scopus-id: 2-s2.0-84889609028
1416
23ATP limitation in a pyruvate formate lyase mutant of Escherichia coli MG1655 increases glycolytic flux to d-lactate1ᵉʳ autor: Utrilla, J, Gosset, G, Martinez, A2009JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGYWoS-id: 000268301200007
Scopus-id: 2-s2.0-68349148366
3234
24Specific ethanol production rate in ethanologenic Escherichia coli strain KO11 is limited by pyruvate decarboxylase2ᵒ autor: Utrilla, J, Huerta-Beristain, G, Hernandez-Chavez, G, Bolivar, F, et al.2008JOURNAL OF MOLECULAR MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGYWoS-id: 000254301500007
Scopus-id: 2-s2.0-40949137363
2222

Capítulos de libros (WoS y Scopus)

# Título del capítulo Título del libro Autores Alcance Año ISBN Fuente
1Resource Allocation Principles and Minimal Cell DesignMinimal Cells: Design, Construction, Biotechnological ApplicationsUtrilla J., Hidalgo D., Article20209783030318970WoS-id: 000656493100009
Scopus-id: 2-s2.0-85088450335
2Evolutionary engineering of microorganisms to overcome toxicity during lignocellulose hydrolysates utilizationEngineering Of Microorganisms For The Production Of Chemicals And Biofuels From Renewable ResourcesUtrilla J., Lastiri-Pancardo G.M., Capítulo de un Libro20179783319517292Scopus-id: 2-s2.0-85042843247

Proyectos

# Nombre Participantes Convocatoria Fecha Inicio Fecha Fin
1Ingeniería de fenotipos sintéticos.JOSE UTRILLA CARRERI,
Presupuesto de la UNAM asignado a la Dependencia01-12-201430-11-2020
2Generación guiada por modelos de cepas productoras através de acoplamiento al crecimiento y evolución en el laboratorioJOSE UTRILLA CARRERI,
Universidades, Centros, Institutos u Organismos Internacionales01-07-201530-06-2018
3Engineering the circuit-host interplay for the integration of standardized synthetic functions.JOSE UTRILLA CARRERI,
Universidades, Centros, Institutos u Organismos Internacionales27-03-201726-03-2020
4Engineering the circuit-Host interplay for the integration of standardized synthetic functions.JOSE UTRILLA CARRERI,
Universidades, Centros, Institutos u Organismos Internacionales27-03-201724-09-2022
5Evaluación de cepas con proteoma reducido como chasis para expresión de funciones sintéticasJOSE UTRILLA CARRERI,
Recursos PAPIIT01-01-201831-12-2019
6Evaluación de la reducción de la expresión de ribosomas de reserva como estrategia de optimización de cepas bacterianas.JOSE UTRILLA CARRERI,
Recursos PAPIIT01-01-202031-12-2022
7Epistasis, robustez, mecanismos compensatorios y redundancia: Considerando costos de expresión genética en E. COLI.JOSE UTRILLA CARRERI,
Recursos CONAHCyT02-05-202230-11-2024
8Genómica funcional de Pseudomonas chlororaphis para su mejoramiento como microorganismo de producción en biología sintéticaJOSE UTRILLA CARRERI,
Recursos PAPIIT01-01-202331-12-2025

Docencia Impartida

# Entidad Nivel Asignatura Año Semestre Alumnos
1Facultad de QuímicaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20212022-11
2Facultad de QuímicaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20212021-21
3Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaGENOMICA INTEGRATIVA 220202021-11
4Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN III20202021-11
5Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20202021-11
6Instituto de BiotecnologíaMaestríaCURSO III20202020-21
7Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN II20202020-21
8Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20202020-21
9Instituto de BiotecnologíaMaestríaCURSO IV20192020-11
10Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN III20192020-11
11Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20192020-11
12Instituto de BiotecnologíaMaestríaCURSO III20192020-11
13Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN I20192020-11
14Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN II20192019-21
15Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20192019-21
16Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20192019-21
17Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20192019-21
18Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20192019-21
19Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20182019-11
20Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20182019-11
21Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACIÓN III20182019-11
22Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20182019-11
23Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN I20182019-11
24Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20182018-21
25Instituto de BiotecnologíaMaestríaSEMINARIO DE INVESTIGACION II20182018-21
26Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20182018-21
27Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20172018-11
28Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20172018-11
29Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20172018-11
30Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION I20172018-11
31Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 120172018-11
32Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 220172018-11
33Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTRABAJO DE INVESTIGACION 320172018-11
34Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 120172018-11
35Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaTOPICO SELECTO 220172018-11
36Instituto de BiotecnologíaLicenciaturaSEMINARIO DE INVESTIGACION 120172018-11
37Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20172017-21
38Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20172017-21
39Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN III20172017-21
40Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACIÓN II20172017-21
41Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20162017-11
42Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20162017-11
43Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20162017-11
44Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20162017-11
45Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20162016-21
46Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20162016-21
47Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION III20162016-21
48Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20152016-11
49Instituto de BiotecnologíaMaestríaTRABAJO DE INVESTIGACION II20152016-11

Tutorías impartidas

# Entidad Nivel Plan de estudio Año Semestre
1Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20212021-2
2Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20202020-2
3Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20202020-2
4Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20202020-2
5Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20192019-2
6Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20192020-1
7Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20192019-2
8Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20192020-1
9Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20192019-2
10Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20192020-1
11Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20192019-2
12Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20182019-1
13Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20182018-2
14Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20182019-1
15Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20182019-1
16Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20182018-2
17Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20182019-1
18Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20172017-2
19Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20172018-1
20Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20162016-2
21Centro de Ciencias GenómicasDoctoradoDoctorado en Ciencias Biomédicas20162017-1
22Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20142014-2
23Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20142015-1
24Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20132013-2
25Instituto de BiotecnologíaMaestríaMaestría en Ciencias Bioquímicas20132014-1

Patentes Otorgadas

# Título Inventores Año Sección
1NUEVOS TRANSPORTADORES DE XILOSA Y SUS APLICACIONES.GUILLERMO GOSSET LAGARDA, LUZ MARIA MARTINEZ MEJIA, ALFREDO MARTINEZ JIMENEZ, et al.2016CHEMISTRY; METALLURGY
2MÉTODO PARA REDUCIR EL PROTEOMA EN ESCHERICHIA COLI PARA AUMENTAR LA PRODUCCIÓN DE PROTEÍNAS SINTÉTICAS.JOSE UTRILLA CARRERI, 2024CHEMISTRY; METALLURGYPHYSICS

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